St. Aegidii, meist Aegidiikirche genannt, ist eine römisch-katholische Kirche in der Altstadt von Münster. Ursprünglich Kapuzinerkirche, übernahm sie nach dem Abriss der alten Aegidii-Pfarrkirche deren Funktion und das Ägidius-Patrozinium.

Die von Johann Conrad Schlaun in den Jahren 1724 bis 1728 erneuerte Klosterkirche hat die Bombardierungen von Münsters Innenstadt im Zweiten Weltkrieg relativ unbeschädigt überstanden.

Die Kapuziner ließen sich, von Flandern nach Norddeutschland kommend, 1611 in Münster nieder. Auf dem Grundstück an der Krummenstiege im Kirchspiel St. Aegidii, wo heute die St.-Aegidii-Kirche steht, errichteten sie ab dem 30. September 1619 ein Kloster und eine kleine Kirche mit dem Patrozinium der heiligen Maria und Anna.

1721 beauftragte Fürstbischofs Clemens August I. von Bayern den Münsteraner Landbaumeister Gottfried Laurenz Pictorius mit der Umbauplanung von Kloster und Kirche der Kapuziner, deren Fassade eine Säulenhalle vorgelegt wurde. Nach den Plänen von Pictorius wurde der Klosterbau ausgeführt, der Kirchenbau selbst aber ging auf Initiative von Ferdinand von Plettenberg, Erbmarschall des Hochstifts Münster, der auch den Kirchenbau finanzierte, an Schlaun über.

Offensichtlich sollte St. Ägidien (wie bereits das von ihm gestiftete Kapuzinerkloster Wittem), das Hauskloster der Plettenbergs werden, die in unmittelbarer Nähe ihr Stadtpalais, den Nordkirchener Hof, besaßen.

Die Bauarbeiten an der Kirche nach Plänen Schlauns begannen 1724, die Einweihung, zusätzlich zum bestehenden Mariapatrozinium auf das des heiligen Franziskus, konnte am 5. Dezember 1725 vollzogen werden, der östliche Klosterflügel wurde 1732 fertiggestellt.

Am 2. Dezember 1811 wurde das Kapuzinerkloster aufgelöst; französische Beamte konfiszierten Kassen, Archiv und Wertgegenstände. Die Gebäude samt Kirche wurden in der Folge militärisch genutzt. Die gesamte (Barock-)Ausstattung wurde dabei versteigert. Die Konventsgebäude wurden 1828 abgerissen.

Als die Pfarrei St. Aegidii als Ersatz für ihr eingestürztes Gotteshaus die Kirche vom Fiskus übereignet bekam, war diese ohne jegliche Einrichtung. Aus Alt-St.-Aegidii konnten zwei Beichtstühle übernommen werden, ebenso erhielt man eine noch recht gute gebrauchte Orgel aus Kinderhaus (heute Stadtteil von Münster). Die Kanzel, das einzige originale Ausstattungsstück der Schlaunschen Kirche, gehört wieder dazu, weil der Ersteigerer dieses interessante Stück der Gemeinde schenkte. Der Innenraum war geweißelt. Zur Kaschierung der Abbruchspuren der ehedem an dieser Stelle befindlichen Klostergebäude wurde 1860 nach Plänen von Hilger Hertel dem Älteren die Sakristei in den einfachen Formen des Rundbogenstils angefügt.

1858–1860 erhielt die Kirche durch Edward von Steinle und Dominik Mosler eine einheitliche Ausstattung und Bemalung im Nazarenerstil. Im Zweiten Weltkrieg kaum beschädigt, wurden die Deckengemälde größtenteils danach übermalt, jedoch zum Pfarrjubiläum 1983 wieder freigelegt bzw. ergänzt.

Im Jahr 2000 fusionierte die Aegidiigemeinde mit St. Ludgeri, 2007 wurde sie mit dieser zusammen in die Innenstadtpfarrei St. Lamberti Münster inkorporiert. St. Aegidii ist seitdem Filialkirche. In der Kirche wird seit 1998 die Heilige Messe in der außerordentlichen Form gefeiert (aktuell zweimal wöchentlich). Außerdem dient sie seit etlichen Jahren als Ort für die Gottesdienste der portugiesischen muttersprachlichen Gemeinde.